La sociedad Mexicana de Proteómica se fundó en el 2005 por un grupo de investigadores mexicanos bajo el liderazgo de los Drs. Cesar Batista y Sergio Encarnacíón, los cuales fueron los pioneros del área de proteómica en México. El objetivo fundamental fue el de promover y reforzar esta área de investigación en nuestro país y reunir a toda la comunidad de investigadores a nivel nacional que se encontraban en las etapas iniciales del estudio de la proteómica y a aquellos grupos interesados en la creación de laboratorios y unidades de servicio. Un aspecto fundamental fue que al crear la sociedad podría existir un medio para realizar el intercambio de ideas y organizar cursos básicos para entrenar estudiantes y técnicos en el área. Otro aspecto fue la posibilidad de reunir en un ambiente multidisciplinarlo a los miembros de la sociedad, ya que las áreas de investigación de proteómica en México, abarcan desde el estudio de enfermedades humanas hasta el entendimiento de los mecanismos que participan en la tolerancia al estrés en las plantas. La primera actividad que el comité ejecutivo de la sociedad realizó fue la organización del 1er Simposio Nacional de Espectrometría de Masas- proteómica celular y molecular-, en el cual se realizó al mismo tiempo el curso corto “Fundamentos de la espectrometría de masas aplicada a la proteómica”. Evento que se llevó a cabo en la Hacienda Cocoyoc, Morelos del 19 al 22 de Octubre del 2005. A este evento fueron invitados ponentes científicos con una destacada productividad a nivel internacional, además, de la participación de ponentes nacionales a nivel industrial y de la investigación científica. Al simposio atendieron 80 participantes y fue considerado como un evento de alta calidad científica. Al simposio también asistieron 20 estudiantes que participaron en el curso  “Genomic and Post-genomic approaches to study virus-host cell interactions”, realizado en Cuernavaca, Morelos del 5 al 21 de octubre, 2005. Curso organizado por el Instituto de Biotecnología y por instituto en medicina Howard Hughes. Posterior a este exitoso evento, la sociedad ha organizado dos simposios bianuales. El congreso del 2007 celebrado en la ciudad de Guanajuato del 4 al 9 de Noviembre, 2007, el cual incluyó una lista de invitados internacionales de alto renombre y el último simposio se celebró en la ciudad de San Luis Potosí del 8 al 12 de Noviembre del 2009 en el cual además de la presencia de científicos internacionales de alto renombre. En este último simposio se incrementó considerablemente el número de participantes nacionales que se han iniciado en el uso de la proteómica en México.

Para cubrir el objetivo de promover el uso de la proteómica en México en las nuevas generaciones de científicos, organizamos el 1er Curso teórico-práctico de proteómica, el cual se realizó en la ciudad de Cuernavaca, del 20 al 24 de abril del 2009. Entre los invitados a impartir este curso se encuentran personajes como: A. Yergey, F. Fernandez, L. Burchfield, and I. Mohtashemi, así como representantes de la industria. Este curso fue organizado e impartido por miembros de la sociedad. Estudiantes de toda la república atendieron este curso teórico y práctico de cinco días, los estudiantes aprendieron la técnica de 2D-PAGE y proteómica cuantitativa empleando DIGE así como una introducción al manejo de la espectrometría de masas.

La sociedad considera que una base importante para estimular a los jóvenes científicos para que continúen realizando estudios de postgrado en el campo de la proteómica, y en base a esto en el 2005 otorgó una beca de intercambio académico a un estudiante de postgrado para que realiza una estancia de investigación en un laboratorio de su elección por un periodo de tres semanas.

Durante el periodo de seis años de existencia, se ha incrementado el número de miembros de la sociedad de 39 en el 2005 a 54 en el 2010.